２．やることの概要

※申告期間は、毎年2月16日～3月15日。1月でも、途中までの入力は出来るようです。送信が出来ないだけ。

利用者識別番号の取得

ログインIDみたいなもの。YahooメールやGmailのアドレスを作る程度の簡単さ。
ここで、自分の住所や管轄の税務署を登録します。
また、準備の項でメモをお奨めした、Ｂ．利用者識別番号のパスワード、Ｃ．納税用確認番号を登録し、Ａ．利用者識別番号が通知されます。

平成29年分事前準備セットアップ

「次へ」「次へ」って押していけば終わります。ただ、複数のソフトが連続してインストールされるので、長く感じるかも知れません。
やっているのは、なりすまし防止のおまじない（ルート証明書や送信時の署名）とか、ブラウザに国税局のことを信じさせるとか、そういうことです。
名前の通り、毎年新しくなっています。

電子証明書と、利用者識別番号を紐付け

源泉徴収票に書かれた収入や控除金額を登録

ふるさと納税した内容を、全部登録

住所、振込先の登録

扶養家族を含めて、マイナンバーの登録

電子証明書の提示

マイナンバーカードをICカードリーダで読み取り、パスワード認証します。
ICカードリーダは、USBで繋ぐだけで使えるようになる（Windowsが自動セットアップ）と思います。